摩周湖は、流入・流出河川がない閉鎖湖、世界でバイカル湖についで2番目に透明度の高い湖である。 よく晴れた日の湖面の色は「摩周ブルー」と呼ばれている。また、霧の摩周湖とも言われる。 湖内は阿寒国立公園の特別保護地区に指定されており、開発行為や車馬・船の乗り入れは厳しく規制されている。 湖は、法的には水たまり、河川とのつながりがないことから、法律上、国土交通省が管轄する「湖」ではない。 湖に浮かぶ島には樹木があるため農林水産省の管理下におかれるものの、湖には樹木が存在しないため農林水産省の管轄でもない。そのため摩周湖は国有財産として管理される不動産に大量に蓄積した水、つまり法的には水たまりとして認識される。 無登記のまま国が管理している。